V zime roku 1820 bola loď Essex z Nového Anglicka určená na lov veľrýb napadnutá niečím neuveriteľným: veľrybou obrej veľkosti a sily, s takmer ľudským zmyslom pre pomstychtivosť. Táto Skutočná námorná pohroma inšpirovala Hermana Melvilla k napísaniu knihy Moby-Dick (Biela veľryba). Rozpovedala však iba časť príbehu. Film V srdci mora odhaľuje mučivé následky tohto napadnutia, kedy boli členovia posádky, ktorým sa podarilo prežiť, nútení prekračovať svoje limity a robiť kvôli záchrane života neuveriteľné veci. Zatiaľ čo sa kapitán pokúša nájsť na otvorenom mori správny smer a jeho prvý dôstojník sa snaží obrovskú veľrybu skoliť, posádka čeliaca búrkam, hladovaniu, panike a zúfalstvu pochybuje o všetkom od hodnoty ich životov až po etiku ich živobytia.